克罗恩病诊断成立后，诊断内容应包括临床类型、严重程度、病变汜14-围、肠外表现和并发症，以利评估病情和预后，制订治疗方案。

(1)临床类型：可参考患者的主要临床表现作出分类。按2005年蒙特利尔胃肠病大会克罗恩病分类中的疾病行为(behaviour)分型，可分为狭窄型、穿通型和非狭窄非穿通型(炎症型)。各型可有交叉或互相转化，涉及治疗方案的选择。

(2)严重程度：严重度与活动性均反应克罗恩病的严重程度，常合并使用。克罗恩病的严重度可参考临床表现作出，无全身症状、腹部压痛、包块和梗阻者为轻度；明显腹痛、腹泻、有全身症状和并发症者为重度；介于其间者为中度。克罗恩病活动指数(CDAI)可正确估计病情和评价效果。临床上采Harvey和Bradshow标准(简化CDAI)较为简便实用。

除了活动期和缓解期外，临床常用的慢性活动性克罗恩病或顽固性克罗恩病指诱导或维持缓解治疗失败者，定义与溃疡性结肠炎相同。Best CDAI在国际上广泛应用于临床科研，根据腹痛、腹泻、腹块等8个变量，通过1周的观察计分，乘以规定的权重，求得各自的分值，8项分值之和为总分。

(3)病变范围：病变部位和范围参考影像学检查和内镜检查结果确定，可分为小肠型、结肠型、回结肠型。此外，如消化道其他部分受累，亦应注明。受累汜0-围>100cm者属广泛性。

(4)肠外表现和并发症：肠外表现可有口、眼、关节、皮肤、泌尿以及肝胆等系统受累；并发症可有肠梗阻、瘘管、炎性包块或脓肿、出血、肠穿孔等。